办公室（党委办公室）
承担机关日常运转，承担文秘、信息、政务公开、会务、信访、机要保密、档案、督查督办等工作；统筹税收宣传工作；负责机关后勤事务的管理、保障和服务工作；组织实施绩效管理和数字人事管理工作。
法制股
承担组织实施依法行政工作；承担规范性文件合法性审查、合规性评估、备案审查、清理等工作；组织办理行政复议、行政诉讼等事项。
税政股
承担增值税、消费税、车辆购置税和进出口税收的征收管理工作，对相关税种和进出口税收具体业务问题进行解释和处理。承担组织实施企业所得税、个人所得税、房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税、烟叶税等征收管理工作，对具体业务问题进行解释和处理。
国际税收管理股
承担组织实施国家（地区）间税收条约（安排）；承担跨境税收管理工作；组织实施反避税工作；负责外事管理。
社会保险费和非税收入股
承担组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和有关非税收入的征收管理工作；参与有关社会保险费和有关非税收入征收的政策辅导、咨询服务、法律救济等工作。
收入核算股
承担本单位税收、社会保险费和有关非税收入预算目标任务并依法组织实施；承担统筹协调组织收入工作，开展收入预测分析、预警分析和收入质量管理；承担本单位税收经济分析工作。
纳税服务股
承担组织开展纳税服务（含缴费服务）工作；组织实施面向纳税人、缴费人的税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作。
征收管理股
承担组织落实综合性税收征管法律、法规、规章及规范性文件；组织实施税务登记、申报纳税、欠税（费）、普通发票、个体工商户等征管工作；承担各类税收征管信息系统业务维护工作。
税收风险管理股
承担上级局下发风险应对任务的整合和推送；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的采集、分析应用、共享交换等事项。
财务管理股
承担组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控和政府采购、固定资产等工作。
组织人事股
承担人事、机构编制、干部考核、劳动工资等工作；负责教育培训工作。
机关党委（党建工作股）
负责机关和派出机构党群工作；统筹承担机关党员教育、管理、监督和服务工作。
根据有关规定，设置党委纪检组，名称为“中共国家税务总局南通市海门区税务局委员会纪律检查组”。承担机关和派出机构党的纪律检查工作。